Я использовал алгоритм для выполнения его над файлом в пределах 1.500.000 строк / слов в пределах 81.000 слов с ошибками. Это был результат профиля:
         1.555.756 function calls in 9.196,582 seconds ~2,5 hours
   Ordered by: standard name
   ncalls  tottime  percall  cumtime  percall filename:lineno(function)
        1    0.077    0.077 9196.582 9196.582 <string>:1(<module>)
        1    6.087    6.087 9196.505 9196.505 select_all_spelling_errors.py:23(findRegions)
   245644    1.042    0.000    1.042    0.000 sublime.py:550(__init__)
   163763    2.559    0.000    2.559    0.000 sublime.py:557(__str__)
   245644    1.357    0.000   15.908    0.000 sublime.py:638(__getitem__)
        1    0.000    0.000    0.000    0.000 sublime.py:659(clear)
    81881    0.611    0.000   56.255    0.001 sublime.py:662(add)
        1    0.385    0.385   56.640   56.640 sublime.py:668(add_all)
    81882    0.884    0.000 9114.968    0.111 sublime.py:829(run_command)
   245646    0.344    0.000    0.344    0.000 sublime.py:832(sel)
        1    0.001    0.001 9196.582 9196.582 {built-in method exec}
    81881    0.071    0.000    0.071    0.000 {built-in method isinstance}
    81882 9114.084    0.111 9114.084    0.111 {built-in method view_run_command}
    81881   55.573    0.001   55.573    0.001 {built-in method view_selection_add_region}
        1    0.000    0.000    0.000    0.000 {built-in method view_selection_clear}
   245644   13.509    0.000   14.551    0.000 {built-in method view_selection_get}
        1    0.000    0.000    0.000    0.000 {method 'disable' of '_lsprof.Profiler' objects}
        1    0.000    0.000    0.000    0.000 {method 'values' of 'dict' objects}
Там мы можем увидеть виновника, который ест почти все время:
81882 9114.084    0.111 9114.084    0.111 {built-in method view_run_command}
Это был исходный код:
import sublime
import sublime_plugin
import cProfile
class SelectAllSpellingErrorsCommand(sublime_plugin.TextCommand):
    def run(self, edit):
        cProfile.runctx( 'findRegions(self, edit)', globals(), locals() )
def findRegions(self, edit):
    regionsList = []
    while True:
        self.view.run_command('next_misspelling')
        if self.view.sel()[0] not in regionsList:
            regionsList.append( self.view.sel()[0] )
        else:
            break
    self.view.sel().clear()
    self.view.sel().add_all( regionsList )