Это может быть сделано с AHKHID, однако, это не совсем просто.
По сути, вы устанавливаете горячую клавишу как обычно, а затем используете AHKHID, чтобы определить, какая клавиатура отправила ввод. Исходя из этого, вы либо отправляете исходную клавишу (эквивалентно не переназначению), либо отправляете переназначенную клавишу, в зависимости от того, какая это клавиатура.
Однако AHKHID значительно сложнее, чем базовое переназначение клавиатуры, и я не могу найти примеров, чтобы продемонстрировать, о чем я говорю.
В качестве альтернативы вы могли бы использовать LuaMacros, который изначально поддерживает несколько клавиатур, хотя и не такой полнофункциональный, как AHK. Для простого переназначения этого должно быть достаточно.