То, что вы видите в графическом интерфейсе, настраивается через GSettings в org.gnome.system.proxy
.
Просмотреть все доступные ключи и их значения:
$ gsettings list-recursively org.gnome.system.proxy
Установите конкретные значения в соответствии с вашим примером:
gsettings set org.gnome.system.proxy mode 'manual'
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks host '127.0.0.1'
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks port 9050
Имейте в виду, однако, что это не заставляет все приложения использовать прокси, это всего лишь рекомендация, которую приложение может игнорировать. Например, по умолчанию Firefox настроен на использование системного прокси, но вы можете перейти к настройкам и изменить "Использовать настройки системного прокси" на "Без прокси".