На виртуальном жестком диске клиента возможно много удаленных блоков, но резервная копия хранит их, так как они являются частью файла.
Виртуальный диск похож на реальный диск - ОС удаляет содержимое, помечая файл и блоки как удаленные; но это не перезаписывает содержимое. Если смотреть с хост-системы, виртуальный жесткий диск - это просто большой файл, и хост, конечно, не может решить, какие байты являются такими старыми, а какие действительно необходимы, поэтому все они будут считаться частью файла, и будут быть резервным.
Есть способы «очистить» виртуальный жесткий диск и уменьшить его видимый размер. Как правило, вы делаете:
Дефрагментируйте внутри клиента. Это должно сгущать содержимое в основном смежных блоков виртуального жесткого диска.
Перезаписать пустое пространство нулями внутри клиента. Под окнами есть инструмент MicroSoft SDELETE, который делает это, например. Для других ОС существуют аналогичные инструменты.
В хост-системе клонируйте виртуальный жесткий диск в новый файл. Это приведет к удалению блоков, которые имеют только нули, и в результате размер файла будет очень близок к реальному содержимому жесткого диска.
На хосте обменяйте оригинальный виртуальный жесткий диск с клоном.
Обратите внимание, что использование виртуальной машины будет постепенно увеличивать ее размер, поскольку каждая последовательность записи / удаления создает блоки, заполненные «данными», поэтому вам придется повторить шаги после нескольких месяцев использования.