Хорошо, я только что видел те же симптомы на недавно обновленном MacBook Pro 13 "(выпуск 2015 года, поэтому последнее оборудование). Я обновился до El Capitan и вскоре после этого начал замечать проблему медлительности. Я заметил, что процесс cfprefs перегружает процессор, но не настолько, чтобы вызывать серьезные проблемы с производительностью, которые я видел (клавиатура не реагирует и т.д.)
Отключение bluetooth действительно решило проблему НЕМЕДЛЕННО, поэтому я думаю, что вы нашли свою ссылку. Вместо того, чтобы оставить его выключенным, я снова включил его, удалил один профиль устройства, который был подключен (внешний трекпад), а затем снова подключен. Все идет нормально; Я не уверен, что это была за "настоящая" проблема, но если это решит ее в долгосрочной перспективе, то я думаю, что это разумный обходной путь.