У меня установлен EditorConfig на мою установку VS 2012. Он не удаляет конечные пробелы и не добавляет строку в конец файла, в котором ее нет. Вот мой файл .editorconfig
.
Файл sln находится по этому пути:D:\production\SecretProjectName\Branches\Root\Unity\
Файл .editorconfig находится по адресу:D:\production\
# EditorConfig is awesome: http://EditorConfig.org
# top-most EditorConfig file
root = true
[*.{cs,cpp,c,h,hpp}]
insert_final_newline = true
trim_trailing_whitespace = true