Одна из причин, по которой это может произойти, заключается в том, что вы использовали автофильтр (фильтр, а не сортировку) в исходной книге при ее сохранении.
Похоже, в Excel считают, что если исходная таблица имеет размер X x X, результирующая таблица в новой рабочей книге также должна иметь размер X x X. Но если некоторые значения были скрыты в исходной книге, Excel не всегда переносит их. Это означает, что результирующая таблица больше не будет иметь размер X на X. Если это произойдет, вы можете столкнуться с тем, что Excel сам все вычисляет, что он может просто дублировать существующие записи до тех пор, пока размер таблицы не станет прежним.
Таким образом, таблица в оригинальной книге в действительности выглядела бы так:
A1: ABC
A2: 111
A3: CDE
A4: 111
Если вы автоматически фильтруете, чтобы не показывать значения 111, и сохраняете книгу, любые обновления в таблице теперь могут привести к сценарию, описанному в вопросе.
Вкратце: всегда сбрасывайте фильтры перед сохранением книги, которая является источником подключения к данным.