С какими инструментами он будет конфликтовать?
Я бы позволил установке изменить ваш путь.  Его легко удалить из PATH, если вы этого не хотите.  Затем я бы посмотрел на каталоги и сделал несколько сравнений, таких как diff, comm и т.д., Чтобы выяснить конфликты. Они должны быть задокументированы где-то, хотя я не знаю где.
  Это имеет значение? Они обычно используются системой? (Я никогда не использовал их лично.)
В последнее время я не использовал инструменты cygwin, но когда мне приходилось использовать Windows, у меня обычно был каталог инструментов cygwin первым в моем PATH без проблем.
Самый большой риск был бы, если бы программа искала конфликтующие инструменты командной строки Windows, она выполнила бы неправильную программу.  Я думаю, что шансы на это очень малы, учитывая крайне небольшое количество сценариев cmd.exe, которые продолжаются.
  Могу ли я просто изменить порядок каталогов в PATH, чтобы предотвратить конфликты?
Да.  Просто переместите Cygwin, или что-нибудь еще, что добавляет git , в конец PATH.  Просто помните, что некоторые последовательности команд не будут работать правильно в Cygwin.  Кроме того, если подумать, я думаю, что консоль Cygwin правильно устанавливает путь.  Установка собственного пути при использовании cygwin также заставит cygwin работать правильно.
  Это то, что делает второй вариант? («Использовать Git из командной строки Windows - этот параметр считается безопасным, поскольку он добавляет только некоторые минимальные оболочки Git»)
Звучит так, как будто это вставит в PATH каталог, содержащий только команды git, которые вам нужны для использования git.