Временная метка, с которой вы копируете, находится между ключевыми кадрами, использование -vcodec copy всегда будет приводить к такому поведению, если при копировании межкадрового кодека ваш ввод не начинается с ключевого кадра.
Вы можете либо выполнить полное кодирование (т.е. не копировать -vcodec), либо выбрать другую временную метку для поиска. Вы можете найти расположение всех ключевых кадров, используя ffprobe, например.
ffprobe -select_streams v -show_frames -print_format csv -show_entries frame=key_frame,pkt_dts_time input.mp4 | grep "frame,1"
третий столбец содержит временные метки (в секундах) всех ключевых кадров, вы хотите, чтобы один из них был ближайшим, но не после вашей целевой временной метки.