Можно ли скрыть папки от пользователей в O365?
Пользователь A - входит в систему и видит папку A
Пользователь B - входит в систему и видит папку B, но не папку A
Это базовый SharePoint. Если пользователь B не имеет доступа к папке A, он защищен от интерфейса.
Лучший подход - позволить пользователям хранить эти данные в OneDrive для бизнеса. Если это должно быть на сайте, посмотрите на отдельные библиотеки вместо папок. Нарушение наследования на уровне элементов (папки - элементы) является плохой практикой и приводит к проблемам с ремонтопригодностью в будущем.