Я использовал XMedia Recode, чтобы сделать это, и он прекрасно работает. Я установил для видео "копировать", для аудио "конвертировать", и для файла объемом 2 ГБ требуется 2 минуты. Есть две проблемы с ним для пакетной работы, хотя. Он не обнаруживает файлы в подпапках, и вы должны указать битрейт аудио.
Я хотел бы иметь возможность сказать, преобразуйте все в Z:\Videos, унаследуйте битрейт аудио и поместите файл с именем "(исходный файл)-конвертированный" в исходную папку. Это возможно, может быть, с помощью ffmpeg? Под управлением Windows 8.1.