Отказ от ответственности: я никогда не использовал FileVault.
Это появилось на досках обсуждений Apple около полутора лет назад. Из того, что я понимаю, проблема в том, что, хотя есть свободное пространство, данные все еще разнесены по всему образу FileVault, и их необходимо сжать, прежде чем можно будет освободить пространство.
  Что нужно, прежде чем начать:
  1) FileVault учетная запись user ( пользователь )
  2) Приложение Drive Genius от Prosoft
  3) Второй пользователь-администратор ( user2 )
  4) Три часа (в зависимости от размера Filevault)
  
  Что тебе необходимо сделать:
  1) Войдите в систему как другой администратор
  2) Открыть «Терминал».
  3) Перейдите в папку пользователя:
  cd /Users/ user
  4) Измените права доступа к файловой папке и подпапке:
  sudo chown -R user.sparsebundle user2
  5) Переименовать файл sparsebundle:
  mv user.sparsebundle user.dmg
  6) Откройте user.dmg с помощью Drive Genius.
  7) Дефрагментируйте смонтированное изображение.
  Это займет некоторое время в зависимости от фактического размера разреженного изображения.
  8) Закройте приложение и размонтируйте изображение через Finder или отметьте установленную папку и нажмите «cmd + E».
  9) Переименуйте изображение:
  mv user.dmg user.sparsebundle
  10) Изменить разрешения:
  chmod -R user.sparsebundle user
  11) Выйти из системы текущего пользователя ( user2 ).
  12) Войдите в систему user и выйдите, чтобы сжать разреженное изображение Filevault.
Я предполагаю, что вы можете использовать любую утилиту для дефрагментации диска (например, iDefrag) вместо Drive Genius.