Это может быть несколько способов:
1) Варианты запуска, как вы правильно сказали. Отключив обработанные в Диспетчере задач> Автозагрузка, вы сможете устранить это
2) Запуск реестра. Проверьте все следующие ключи реестра и посмотрите, запускается ли он оттуда:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Userinit]
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce]
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices]
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce]
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows]
3) Автоматический запуск для пользователей. Проверьте:
Autostart for currently logged-on user: shell:startup = %appdata%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
And startup folder all users: shell:common startup = %programdata%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Это должно сделать для начала. Что касается определения того, какой процесс порождает приложение - я не уверен.
В прошлом я имел ограниченный успех, меняя права доступа к исполняемому файлу (в данном случае firefox.exe), а затем проверяя средство просмотра событий, чтобы увидеть, какое приложение вызвало исключение (ошибка при запуске ошибок типа приложения).