Вероятно, ваши параметры для инструмента выбора "Прямоугольник" застряли в каком-либо режиме, отличном от "Заменить текущий выбор" (и, поскольку параметры инструмента сохраняются для каждого пользователя, они могут остаться в живых после переустановки программы).
Просто отметьте параметры инструмента выбора прямоугольника (дважды щелкните значок выбора прямоугольника, если параметры инструмента не видны), и убедитесь, что в самой первой опции "Режим" установлено значение "Заменить текущий выбор".
Есть еще один способ дополнительно проверить, что происходит (и вам может понадобиться, если проблема не исчезнет) - после выполнения "вставки" откройте диалоговое окно "Слои" (нажмите ctrl + L если его не видно) и убедитесь, что у вас есть "фоновый" слой и "плавающее выделение" там.
Другой причиной вашей проблемы может быть то, что вы по какой-то причине последовательно закрепляете плавающее выделение после выполнения вставки. (чтобы это произошло, нужно просто нажать на изображение за пределами вставленной области). Чтобы избежать этого, прежде чем пытаться выполнять какие-либо действия с изображением, после вставки выберите команду « Layer->To New Layer из меню: это переведет вставленное содержимое в полный слой, который нельзя "слить обратно на задний план". случайно. (снова посмотрите диалог Layer, чтобы лучше понять, что происходит)
