Три очка.
1) Если оба конца - linux, используйте rsync. Это на несколько порядков быстрее, чем FTP. Google покажет вам, как.
2) Если вы застряли с окнами, то ftp встроен!
Поместите свои команды FTP в файл и выполните следующее в окне команд.
C:\whatever> ftp <commandfile
Если вы довольны тем, что он делает правильные вещи, вы можете поместить указанную выше команду в файл .bat и настроить запланированное задание (см. Панель управления), чтобы запускать его, когда вы хотите, чтобы оно выполнялось.
3) FTP не является безопасным. Пройдите через туннель SSH, если данные или пароль являются ценными. Их можно настроить из Windows, используя PUTTY. Лучший способ автоматизировать SSH-туннель - использовать файлы ключей, потому что нет пароля для кражи или запроса на остановку автоматической операции, а если ключевой файл пропадает при краже ноутбука, удалите открытый файл ключа с другого конца.