"Активный" просто означает, что это раздел, в котором BIOS (микропрограмма) будет искать первый загрузочный файл ОС - для Windows 7, то есть BootMgr.exe.
(На самом деле это немного сложнее. BIOS всегда загружает основную загрузочную запись с диска, для которого вы настроили ее загрузку в "настройках BIOS". MBR всегда является сектором 0 и не является частью какой-либо "файловой системы". MBR содержит таблицу первичных разделов - максимум четыре - и небольшой объем кода (440 байт). Один из разделов помечен как "активный" в таблице разделов. Код из MBR загружает первый блок активного раздела (также не являющийся частью какой-либо файловой системы), который называется "загрузочная запись тома". Код из первого блока VBR считывает оставшуюся часть VBR; это может быть несколько блоков. В свою очередь, этого кода достаточно, чтобы найти и прочитать исполняемый файл из корневого каталога раздела, в котором он находится, и передать ему управление. Для раздела Windows Vista или более поздней версии это BootMgr.Exe, для более ранних версий - NTLDR.
Разные ОС требуют разного содержимого VBR. Разные файловые системы тоже делают - Windows VBR для раздела FAT32 отличается от Windows NTB, потому что код в VBR должен понимать достаточно структуры файловой системы, чтобы прочитать этот первый загрузочный файл ОС. Этот файл в свою очередь знает достаточно для чтения каталогов и т.д.)
В Windows база данных конфигурации загрузки (BCD) также находится в активном разделе. Фактическая ОС может находиться в другом разделе, и обычно это так.
Если вы используете загрузчик с несколькими операционными системами, такой как GRUB (как я и ожидаю, вы захотите), вы захотите использовать его в активном разделе. Это не значит, что это единственный доступный раздел.