Хотя Windows и Linux имеют свои собственные технологии шифрования, я не думаю, что есть какие-либо решения для предварительной загрузки, которые работают на обоих.
Лучше всего было бы использовать программное решение, такое как Truecrypt *, или посмотреть на ваши привычки и виртуализировать одно в другое ... Например, если вы не делаете ничего интенсивного в Linux, я бы виртуализировал его, чтобы вы могли использовать Windows в качестве основной ОС, а затем использовать Bitlocker.
(*) Я понимаю, что это не то, что вам нужно, но на самом деле не так много решений для шифрования, которые являются кросс-платформенными, не говоря уже о предварительной загрузке.
РЕДАКТИРОВАТЬ -
Просто прочитайте документацию, и похоже, что Truecrypt выполняет / может выполнить аутентификацию перед загрузкой ... но я никогда не использовал эту функцию и не могу дать никаких советов, кроме как сказать, что Truecrypt - хороший продукт!