В PDF подсветка - это аннотация, такая как зачеркивание или подчеркивание; нет никакой разницы.
Опция, которую вы показываете на скриншоте, касается применения инструмента выделения, зачеркивания или подчеркивания. Когда вы применяете его, выделенный текст копируется во всплывающее окно, и все.
Однако вы должны иметь возможность сортировать список комментариев по типу, и тогда у вас будут основные моменты вместе.
Если это не вариант, и было бы приемлемо иметь список во втором документе, то вы можете использовать JavaScript для создания списка аннотаций, отфильтровать аннотации выделения, перенести этот список во второй документ, где вы может отображать аннотации в некоторых полях формы (включая динамическую ссылку на оригинал).
Я разработал такое решение для немного другого приложения, но оно будет работать и в этом сценарии; не стесняйтесь связаться со мной в частном порядке для получения дополнительной информации и цены.