Пожалуйста, потерпите меня, я просто использую виртуальные машины и Linux.
У меня проблемы с установкой BWA (ссылка) на моей виртуальной машине Linux. Я перепробовал несколько методов, самые полные указания я нашел в медицинском отделении в Корнелле, но я, вероятно, неправильно понимаю, что они от меня хотят.
Я скачал последнюю версию 0.7.9a из sourceforge и переместил ее в папку в моем домашнем каталоге. Путь к файлу:
/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2
Затем я распаковал файл:
bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2
а затем распаковал файл:
tar xvf bwa-0.7.9a.tar
Затем я вошел в новый каталог, который я создал:
cd bwa-0.7.9a
Затем я использовал команду "make"
make
Вот где я вешаюсь:
Терминал печатает эту ошибку:
jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c bwase.c bwtsw2_aux.c kopen.c NEWS.md
bamlite.h bwase.h bwtsw2_chain.c kseq.h pemerge.c
bntseq.c bwaseqio.c bwtsw2_core.c ksort.h QSufSort.c
bntseq.h bwtaln.c bwtsw2.h kstring.c QSufSort.h
bwa.1 bwtaln.h bwtsw2_main.c kstring.h qualfa2fq.pl
bwa.c bwt.c bwtsw2_pair.c ksw.c README.md
bwa.h bwtgap.c ChangeLog ksw.h utils.c
bwa-helper.js bwtgap.h COPYING kthread.c utils.h
bwamem.c bwt_gen.c example.c kvec.h xa2multi.pl
bwamem_extra.c bwt.h fastmap.c main.c
bwamem.h bwtindex.c is.c Makefile
bwamem_pair.c bwt_lite.c kbtree.h malloc_wrap.c
bwape.c bwt_lite.h khash.h malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
#include <zlib.h>
^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$
Я не уверен, как справиться с этой ошибкой. Не могли бы вы, ребята, дать представление о том, что нужно сделать?
Второй вопрос, который я имею в отношении следующих шагов в инструкциях, предоставленных веб-сайтом Cornell. Это читает,
Msgstr "Добавить bwa в ваш путь, отредактировав ~/.bashrc и добавив
export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"
Я нашел .bashrc в своем домашнем каталоге (я могу просмотреть его с помощью ls -a в командной строке или ctrl+h в проводнике). Я не уверен, как перейти к редактированию файла, чтобы включить соответствующую строку кода, т.е. я просто вставляю его где-нибудь в этом файле?
Я истолковал их указания так, что я должен добавить что-то вроде
export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a
Но я не уверен, что это правильно.
Я установил намного более раннюю версию (0.5) с помощью следующей команды.
get-apt install bwa
но я не хочу использовать устаревшую версию этой программы.
Любая помощь, которую вы, ребята, сможете оказать мне, будет принята с благодарностью.
Спасибо,
ОС хост-машины: Windows 7 Home Premium (64-разрядная версия) (пакет обновления 1)
Программное обеспечение виртуальной машины: Oracle VirtualBox версии 4.3.12
ОС гостевой машины: Ubuntu 14.02 (32-разрядная (64-разрядная версия не работает)