Deb-пакеты Debian - это простые вещи, все файлы, которые собирается установить пакет, хранятся в архиве.
Этот архив содержит полное дерево файлов, а также их права доступа и данные о владельце. Во время установки архив извлекается в корневую файловую систему как есть.
Пример
Пакет fping содержит архив со следующими файлами:
/usr/bin/fping
/usr/bin/fping6
/usr/share/doc/fping/README
/usr/share/doc/fping/changelog.Debian.gz
/usr/share/doc/fping/changelog.gz
/usr/share/doc/fping/copyright
/usr/share/lintian/overrides/fping
/usr/share/man/man8/fping.8.gz
/usr/share/man/man8/fping6.8.gz
Права доступа и данные о владельце (владелец почти всегда является пользователем root) берется только из архива.
Имея это в виду, невозможно извлечь архив с правильным сохранением прав собственности без привилегий суперпользователя. Без какого-либо знания внутренней работы rpm и Alien я бы предположил, что Alien извлекает исходный архив во время конвертации.
Отвечая на ваши вопросы:
Как владельцы файлов отличаются при запуске от имени пользователя root и обычного пользователя?
Обычные пользователи могут создавать только те файлы, которые принадлежат им самим, и не могут менять владельца файлов.
Почему владение файлами в пакете имеет значение?
Может быть, это так, а может и нет. Помните: не имея root, файлы будут принадлежать uid, который преобразовал пакет. Хотя не рекомендуется использовать двоичные файлы непривилегированного пользователя для установки в /usr /bin, это может сработать. Но он сломается, когда установленный материал должен быть владельцем root.
Вернемся к примеру, fping должен быть установлен как root для работы -> пакет сломан из-за неправильного владения.