Попробуйте "WinMerge" (это бесплатно), чтобы сравнить любые 2 файла. Он имеет различные параметры для сравнения 2 или более файлов - или даже каталогов / папок. NB. Любая поисковая система найдет WinMerge для вас.
Я думаю, вам всегда нужно будет распаковать 2 файла, которые нужно сравнить сначала.
WinMerge использует 2 панели, чтобы показать содержимое каждого файла и выделить различия. У этого есть много вариантов, чтобы Вы могли видеть только то, что Вы хотите. Пожалуйста, сначала исследуйте их.
Я не знаю ни одной программы, которая позволяла бы вам просматривать содержимое zip-файлов, а затем сравнивать по 2 файла в каждом - что, я думаю, вы хотели бы сделать ...
Даже если вы сможете найти такую программу, ей все равно придется сначала распаковать 2 файла во временную область или папку, хотя это, конечно, сэкономит вам немного усилий ... и очистку.