Похоже, у Powershell нет возможности отключить сертификаты. Что удивительно, возможно, я скучал по ним. Но у него есть команды для импорта, экспорта и удаления.
Можно (и проверить это на виртуальной машине со снимками или что-то в случае, если первая ревизия не сработает) написать скрипт powershell для экспорта всех сертификатов, их удаления, приостановки, пока вы делаете то, что вы делаете, затем импорта их снова.
Это не дает таких же результатов, как их отключение, но, поскольку вы не говорите, зачем вы это делаете, это может быть достаточно близко для ваших целей.
Я считаю, что отключение сертификата означает то же самое, что пометить его как недоверенное. Если это так, вы можете выбрать их все и перетащить в хранилище ненадежных сертификатов. Но проверьте, что там уже есть - вы не захотите возвращать существующие ненадежные обратно, когда закончите.