Формат диска не имеет ничего общего с разрядностью ОС, но определяется тем, как ОС обращается к аппаратным адресам (памяти и дискам).
Тем не менее, неплохо бы начать серьезный переход, такой как миграция ОС, с четко отформатированного раздела. Конечно, форматирование раздела или диска приведет к удалению всех файлов, которые в данный момент находятся на нем, поэтому, если вы хотите сохранить данные, вам сначала необходимо создать их резервную копию, отформатировать диск, установить новую ОС и затем восстановить данные.
Если вы переходите на Windows 7 64, у него есть очень хороший инструмент миграции, который помогает переносить старые данные только для этого типа ситуации. Это также даст контрольный список, какие приложения совместимы или нуждаются в новых версиях.