В идеале, когда включен автофильтр и вы выбрали «Выбрать все», изменения должны вступать в силу только для видимых строк. Есть случаи, когда скрытые строки между видимыми строками тоже изменяются.
Любой конкретный шаг, чтобы убедиться, что изменяются только видимые строки?