если вы хотите зашифровать существующие файлы (шифрование на месте), вы не можете использовать собственное шифрование NTFS EFS, потому что ключи шифрования всегда доступны администратору домена (и, следовательно, смогут расшифровывать)
Если вы хотите начать новый процесс шифрования (скопировать все из существующей папки в новое зашифрованное место назначения) и почувствовать себя авантюрным, есть проект, называемый encfs, который недавно получил порт Windows.
он экспериментальный, а также в нижней части страницы порта проекта есть ссылка на экспериментальный графический интерфейс для него.
Также уже упоминалось более стабильное решение, TrueCrypt
Microsoft также выпустила программное обеспечение под названием Microsoft Private Folder, но оно больше не доступно для загрузки на их веб-сайте. Юо может найти копию в SoftPedia http://www.softpedia.com/get/Security/Lockdown/Microsoft-Private-Folder.shtml.