Параметр метаданных :
ffmpeg -i "in.wav" -acodec libmp3lame -aq 0 -metadata track="X/Y" -id3v2_version 3 -write_id3v1 1 "out.mp3"
Где X - номер трека из общего количества треков Y.
'-metadata [:metadata_specifier] ключ = значение (выходные данные, для метаданных) '
Установите пару ключ / значение метаданных.
Необязательный спецификатор metadata_specifier может быть задан для установки метаданных в потоках или главах. Подробности смотрите в документации -map_metadata.
Эта опция переопределяет метаданные, установленные с -map_metadata. Также возможно удалить метаданные, используя пустое значение.
Например, для установки заголовка в выходном файле:
ffmpeg -i in.avi -metadata title="my title" out.flv
Чтобы установить язык первого аудиопотока:
ffmpeg -i INPUT -metadata:s:a:1 language=eng OUTPUT
Источник: документация FFmpeg, пункт 5.4 "Основные параметры"