У меня Windows 8.1 с TrueCrypt 7.1a. Я зашифровал весь мой дополнительный диск. Диалоговое окно "Оптимизировать диски" сообщает о типе носителя как "неизвестном", а текущее состояние - как "Оптимизация недоступна".
Мой резервный диск, подключенный через USB, но зашифрованный аналогичным образом, работает так же. Мой основной диск также зашифрован, но в этом случае Windows сообщает тип "Жесткий диск" и статус "ОК"
Честно говоря, я никогда не пытался дефрагментировать истинно зашифрованный диск, но в документации сказано, что он должен работать.