Определенно, может быть, это лучший ответ, который вы можете получить.
Конечно, вирус, работающий в одной ОС, может иметь полезную нагрузку, которая может заразить файлы, которые будут работать в другой ОС. Если он находит весь диск, заполненный файлами, которые будут работать в другой ОС, тогда он вполне может выполнить свою работу там. Многие старые вирусы распространяются путем поиска на сетевых дисках различных исполняемых файлов и внедрения их кода в них, теория не отличается.
Единственное, что вирус не будет работать должным образом до тех пор, пока вы не загрузитесь в эту ОС, так что у вас может появиться окно с возможностью вылечить инфекцию до того, как она полностью закрепится в ОС. Это также предполагает, что ваш антивирусный сканер может видеть и перехватывать все полезные нагрузки, которые может иметь вирус.
Это не значит, что все вирусы написаны для этого, хотя. Вам может повезти, и вирус сфокусирован на вашей текущей ОС.
В любом случае, двойная загрузка не является оправданием отсутствия хорошей защиты от вирусов в обеих операционных системах.
Тот факт, что Windows представляет собой гораздо большую цель для вредоносных программ и вирусов, не означает, что другие ОС не должны должным образом защищать себя.