CD всегда имеют 2K сектора. Если вам действительно нужно хранить миллионы файлов, вам лучше всего будет сжать их в ZIP-файл. Формат zip64 позволяет хранить 2 ^ 64-1 файлов внутри архива и изначально поддерживается в проводнике файлов в Windows Vista и более поздних версиях и большинством сторонних zip-инструментов.
Вы также можете создать петлевую файловую систему, если этот параметр доступен в целевых операционных системах. Несколько файловых систем Linux, включая Btrfs, поддерживают пакетную упаковку. Это может позволить вам разместить много файлов в файловой системе.
Однако, по сути, вы, вероятно, пытаетесь ответить не на тот вопрос. Вам не нужно хранить миллионы крошечных файлов на компакт-диске, и тот факт, что вы пытаетесь это сделать, скорее всего, указывает на неправильный подход к вашей основной проблеме.