Вы должны иметь возможность редактировать (или создавать) файл .desktop для программы и помещать его либо в ~/.local/applications/ (для одного пользователя), либо в /usr/share/applications/ (для всех учетных записей).
Это будет выглядеть примерно так:eclipse.desktop:
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=Eclipse
GenericName=Integrated Development Application
Comment=Eclipse
Exec=/usr/local/bin/eclipse
Icon=/opt/eclipse/icon.xpm
Terminal=false
Type=Application
Categories=Development;IDE;
Вот достойный источник для запуска ваших собственных файлов .desktop .
Очевидно, вам нужно обновить вышеперечисленное, указав расположение вашего исполняемого файла и значка.