Нет, не должно быть проблем с использованием дисков с разной скоростью вращения на одном сервере. Единственное отличие состоит в том, что один диск может работать медленнее, чем другой, поэтому при доступе к точкам монтирования более медленного диска задержка будет немного больше.
* Примечание: это предполагает, что диски не будут использоваться в RAID, о котором упоминал спрашивающий. Даже если в RAID используются два диска разных спецификаций, это не обязательно вызовет проблемы во всех случаях, а просто приведет к тому, что диск с более высокими характеристиками будет работать как более медленный диск. По сути, вы тратите деньги на дорогой диск в сочетании с дешевым диском в массиве RAID, но он будет функционировать.