Вы не даете нам много информации, даже операционной системы, которую вы используете, так что вам придется терпеть меня, если я буду немного медленным.
Mutt и S/MIME изначально не работают вместе, так что вам придется проделать определенную работу, чтобы все началось.
Во-вторых, какую версию Mutt вы используете? Нет поддержки S/MIME до 1.5. Если вы используете версию 1.4 или более раннюю, все, что я могу сказать, это обновить вашу конфигурацию.
В-третьих, на какой ОС вы работаете? Я запускаю Mutt и S/MIME на OpenBSD, и использовал это руководство в прошлом, и оно отлично работало. Если вы работаете в Linux, я знаю (но у меня нет непосредственного опыта работы с ним), что многие люди сочли это другое руководство очень полезным.
Наконец, вы также должны знать о довольно досадном факте, что сообщения PGP/MIME, производимые Mutt, не поддерживаются многими другими MUA (почтовыми агентами пользователя), так что у вас могут возникнуть проблемы при чтении сообщений, например, людьми, использующими Outlook или Outlook Express. Вы найдете это ясно изложенным на этой превосходной веб-странице.
Как я уже сказал, это всего лишь первая попытка решить вашу проблему, возможно, вы можете проверить ссылки, которые я вам дал, и посмотреть, выполнили ли вы все предлагаемые ими настройки или их вообще нет.