Вот лучший способ описать это:
dirA
   dir1
      file1.txt
      file3.txt
dirB
   dir1
      file1.txt
      file2.txt
Я хочу скопировать содержимое dirB в dirA. cp -R dirB/* dirA удалит dir1 и скопирует файлы, что приведет к: 
dirA
   dir1
      file1.txt
      file2.txt
Но я хочу объединить их (как это было бы в Windows) и в итоге:
dirA
   dir1
      file1.txt
      file2.txt
      file3.txt
Предложения?  Я пробовал ditto самое, но это, кажется, игнорирует рекурсивную часть и просто сбрасывает все файлы в папку верхнего уровня. 
