Как очистить записи в недавних репозиториях Git Gui, не удаляя эти репозитории или папки .git внутри них?
Вот пример:

Вот моя информация о версии Git/Git Gui:

Список недавно открытых репозиториев хранится в конфигурации как gui.recentrepos.
Посетите https://stackoverflow.com/questions/2114111/where-does-git-config-global-get-written-to для получения дополнительной информации о том, где хранятся файлы конфигурации.
Например: в моей папке %HOMEPATH% файл .gitconfig (msysGit 1.8.1):
[gui]
recentrepo = C:/one
recentrepo = C:/two
А в C:\Program files\Git\etc\gitconfig нет настройки gui.recentrepo , только глобальные настройки.
Откройте Git Bash и попробуйте:
git config --global --unset-all gui.recentrepo