Mono предоставляет хороший список того, что может и не может сделать текущая версия по сравнению с .Net.
Смотрите http://www.mono-project.com/Compatibility
Текущая версия Mono - 2.10.8. (Дата выхода 19 декабря 2011 г.)
Самый простой способ описать то, что в настоящее время поддерживает Mono:
Все в .NET 4.0, кроме WPF, WWF и с ограниченным WCF.
Предлагаю некоторую помощь по портированию в виде инструмента под названием MoMA:
Инструмент Mono Migration Analyzer (MoMA) помогает определить проблемы, которые могут возникнуть при переносе приложения .Net в Mono. В то время как Mono стремится быть двоично-совместимым с .Net, MoMA помогает точно определять вызовы для конкретной платформы (P/Invoke) и области, которые еще не поддерживаются проектом Mono.
Специально для портирования ASP.Net MVC они также ссылаются на статью, которую вы можете найти полезной:
Пошаговое руководство. Портирование веб-сайта Asp.Net MVC на Mono 2.6.1 и MySql в Linux Apache
Как вы можете заметить в этом, они упоминают MySQL, и это одна вещь, которую вы должны учитывать. Если программы .Net были написаны с использованием MS SQL, и вы не пользуетесь сервером Ms SQl, им, вероятно, потребуются некоторые изменения, чтобы они работали с другой БД, дружественной к Linux (например, MySQL).