Храните плагины в репозиториях git. Я думаю, что для ваших конкретных нужд вы можете создать репозиторий и использовать ветки и подмодули git (большинство плагинов в любом случае находятся под git, так что вы можете поддерживать их в актуальном состоянии или даже использовать разные версии). Недостатком является то, что вы не можете использовать управление пакетами, но вы можете использовать github для синхронизации настроек между компьютерами и рабочими пространствами.
Если вы не хотите потерять удобство управления пакетами, я думаю, вы можете найти его конкретный файл настроек (Package Control.sublime-setting - пользовательский) и добавить его в git.
Обновление: я попытался использовать параметр настройки для ignored_packages с Package Control
"settings":
{
"ignored_packages": [
"your_package_here",
...
]
},
в возвышенном проекте, но я не мог заставить его работать по крайней мере на ST3.