Я наконец решил свою проблему и хотел бы поблагодарить всех за помощь. Как я уже сказал в своем вступительном слове, это внешнее устройство использовалось на старом ПК, и по какой-то причине это привело к проблемам с разрешениями. После просмотра всех подпапок для изменения прав доступа к файлам, используемое дисковое пространство теперь корректно в WinDirStat и при выборе всех файлов и выборе свойств.
@Psycogeek - вы были правы, говоря, что MyDefrag показывает файлы, спасибо за это, к сожалению, из-за того, что файлы были в папке, которую я часто использовал и у которой были разрешения, я не смог определить, что они будут отсутствовать. Плюс 675 ГБ файлов трудно пройти:P
@ Алексей Иванов - файлы можно было просматривать в проводнике Windows, как вы сказали, но WinDirStat и проводник Windows, по-видимому, не включают файлы с разрешениями из неизвестного источника - спасибо за помощь.
Если у кого-то еще есть такие проблемы, это может быть связано с этой проблемой. Исследователи файлов и визуализаторы, похоже, испытывают затруднения при проверке файлов с разными разрешениями - необходимо удалить разрешения неизвестного пользователя и изменить разрешения для текущей системы - в моем случае это был arthur-PC/arthur, а не длинная строка символов. Поскольку уже есть руководства для этого я выложу ссылку.
http://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/windows_vista-files/how-do-i-change-folder-and-file-permissions/465f2b42-63dd-4486-8dd1-c870290efeed
Первый ответ правильный. - не забывайте нажимать на подгруппы и папки, потому что я не делал этого при первоначальном изменении разрешений, я мог просматривать содержимое папки в проводнике Windows, но не подпапки, и вы должны нажимать каждую из них, чтобы получить к ней доступ.
Спасибо всем за вашу помощь, я надеюсь, что этот ответ может помочь людям, которые могут иметь ту же проблему.
Артур