Очевидно, 3-контактный вентилятор может подключаться непосредственно к 4-контактному разъему.
Два из выводов обеспечивают питание вентилятора, третий - обороты импульса на материнской плате для считывания скорости. 4-й контакт предназначен для управления скоростью ШИМ.
Эта ссылка содержит некоторые подробности: http://www.tomshardware.com/forum/340825-28-case-fans-4pin-3pin-molex
В случае 3-контактного вентилятора. Скорость регулируется путем изменения напряжения вентилятора.
Если вы подключите 4-контактный вентилятор к 3-контактному разъему, скорость вращения вентилятора будет зависеть от напряжения, и он все равно будет работать. Штекеры снабжены ключами, так что вы не сможете правильно расположить контакты.