Прежде всего, как сказал Уильям П. Бота, нет абсолютно никакой причины использовать putty в Linux. Просто откройте ваш любимый эмулятор терминала и запустите ssh
или все, что вам нужно сделать:
$ ssh user@remote.server.com
$ scp local_file.txt user@remote.server.com:/path/to/remote/file.txt
Что касается буфера обмена, это немного усложняется под * nix. Вы, вероятно, столкнулись с множеством буферов обмена, предлагаемых X (это особенность, а не ошибка). Вкратце, есть два основных "буфера обмена" для * nix, PRIMARY и CLIPBOARD. Когда вы выбираете текст, он копируется в ПЕРВИЧНЫЙ и может быть вставлен с помощью средней кнопки мыши. Ctrl+C копирует на клавиатуру и может быть вставлен с помощью Ctrl+V. Таким образом, в зависимости от того, какой буфер обмена используется, вы можете вставить другой метод. Смотрите эту страницу в Arch wiki для получения дополнительной информации.
Вам также может пригодиться один из "менеджеров буфера обмена". Они позволяют переключаться между используемыми буферами обмена и сохранять некоторые предыдущие выборки в виде истории буфера обмена для вставки по требованию. Некоторые из наиболее известных из них:
clipit
glippy
glipper
parcellite
klipper