Я думаю, что вы ищете, это chntpw (это то же самое, что упомянуто в вопросе Бена, кстати). Он поставляется в виде пакета (Ubuntu sudo apt-get install chntpw) с современными дистрибутивами и позволяет просматривать или редактировать реестр, учитывая файл куста установки Windows. Файлы кустов - это ntuser.dat в каталогах профилей пользователя, а также файлы в %SystemRoot%\system32\config такие как software .
Со страницы man chntpw :
-e     Registry editor with limited capabilities.
Внимание: имейте в виду, что формат официально не задокументирован Microsoft, и поэтому любые сторонние инструменты редактирования могут потенциально повредить ульи, которые они загружают и манипулируют ими. Сделайте резервную копию!
Что касается применения файла .reg я не думаю, что вам придется разбирать его самостоятельно. В основном это просто файл INI/INF со специальной первой строкой и разделами, названными в честь ключей и значений, которые были экранированы в соответствии с типом значения. @ - это имя специального значения для ключа по умолчанию. Остальное самоочевидно при просмотре файла.
Python имеет встроенные возможности для анализа INI-файлов, поэтому он является хорошей отправной точкой.