Windows не дает приоритет пользовательскому интерфейсу. Что он делает, так это дает текущему приоритетному приложению приоритетное повышение. Это делает его более отзывчивым и, по сути, является хитростью, чтобы ваша система чувствовала себя более отзывчивой, чем она есть. Все остальные процессы обычно выполняются с обычным приоритетом. Это относится ко всем версиям Windows, так как почти навсегда (Windows NT 4, если я правильно помню).
Таким образом, это по замыслу. Задачи, запускаемые через планировщик задач, получают центральный процессор и другие ресурсы с тем же приоритетом, что и задачи, выполняемые из любого другого места. Единственное отличие состоит в том, что задачи из планировщика задач обычно не могут стать программой переднего плана и, следовательно, никогда не получают повышение приоритета. Обычно это не проблема, потому что вы обычно не сидите в ожидании результата от запланированного задания.
С другой стороны, если запуск задачи из командной строки делает то, что вы хотите, то сделайте это.