Насколько я знаю (и, пожалуйста, поправьте меня, если я ошибаюсь) при создании загрузочной флешки, вся информация на диске стирается. Будет ли следующее создать проблему?
Добавление файлов после создания загрузочной флешки
Перемещение всех файлов загрузочной флешки в одну папку (и возврат их в исходное местоположение, когда мне нужно загрузиться с него)