Я собираюсь предположить, что вы находитесь на Windows ...
Я не пробовал это сам, но одним из вариантов может быть использование Ghostscript с монитором перенаправления:
http://pages.cs.wisc.edu/~ghost/redmon/en/redmon19.htm
Настройте его НЕ запрашивать имена файлов. Теперь он должен работать как очередь печати Windows, которая создает файлы PDF.
Итак, теперь у вас есть документ в формате PDF. Следующим шагом будет использование инструмента командной строки, который может разделить и снова присоединиться к PDF-страницам. Опять же, я не пробовал этого, но, возможно, вы могли бы использовать команду pdftk burst, чтобы разделить файл, а затем использовать pdftk shuffle, чтобы собрать страницы обратно в один документ. Вам понадобится какой-нибудь сценарий, такой как Windows Powershell или Windows Script Host, чтобы склеить все это вместе ...
http://www.pdflabs.com/docs/pdftk-man-page/#dest-op-burst
http://www.pdflabs.com/docs/pdftk-man-page/#dest-op-shuffle
Конечно, это все очень глупо!