Я хотел бы сделать что-то вроде этого:
- В командной строке скопируйте файл в буфер обмена Windows
 - В проводнике Windows вставьте файл / файлы в текущее местоположение
 
Есть ли простой инструмент для этого, в Cygwin или где-либо еще?
Я хотел бы сделать что-то вроде этого:
Есть ли простой инструмент для этого, в Cygwin или где-либо еще?
Попробуйте утилиту для clip которая поставляется с Windows.
CLIP
Description:
    Redirects output of command line tools to the Windows clipboard.
    This text output can then be pasted into other programs.
Parameter List:
    /?                  Displays this help message.
Examples:
    DIR | CLIP          Places a copy of the current directory
                        listing into the Windows clipboard.
    CLIP < README.TXT   Places a copy of the text from readme.txt
                        on to the Windows clipboard.