Согласно этому обсуждению, только те кодеки, которые могут использовать приложения WinRT, должны быть предоставлены Microsoft или включены в приложение. Приложения WinRT не могут использовать какие-либо кодеки, установленные с рабочего стола, и, похоже, нет никакого способа сделать сторонний кодек доступным для всех приложений WinRT.
Такое поведение является особенностью. Чтобы вы могли использовать свой кодек FLAC MF из контекста своего приложения для магазина Windows, вам необходимо изменить кодек для работы в среде WinRT. Затем вам нужно будет поставить кодек вместе с вашим приложением, а не полагаться на установку на компьютере.
Изменить: Больше информации от @Bala Sivakumar, руководитель программы для команды Microsoft MM Platform Team
Причина этого заключается в том, что Windows 8 предназначена для работы на устройствах с низким энергопотреблением, где программное декодирование нежелательно. Поэтому для всей системы поддерживаются только кодеки с аппаратным ускорением. В некоторых случаях могут быть доступны сторонние кодеки, когда производитель видеокарты поддерживает аппаратное ускорение кодека и поддерживает драйвер в драйвере. Такие кодеки подписаны Microsoft, чтобы обеспечить общесистемное использование.