Я так много гуглил по этому вопросу, но просто не смог найти точного ответа, на нем много потоков, все они указывают на проверку прав доступа к файлам или директории $HOME которые подходят в моем случае, ниже приведены подробности , Любые советы о том, как отладить или решить, действительно приветствуются:

username@machine-linux2:~/.ssh$ ls -ld .
drwx------ 2 username users 0 Jan  4 23:00 .
username@machine-linux2:~/.ssh$ ssh-keygen -t rsa -C "username@company.com"
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/usr2/username/.ssh/id_rsa): 
Enter passphrase (empty for no passphrase): 
Enter same passphrase again: 
open /usr2/username/.ssh/id_rsa failed: Permission denied.
Saving the key failed: /usr2/username/.ssh/id_rsa.

Также на заметку, я вижу некоторые странные вещи на этой машине, echo $PATH просто дает следующее, ранее это использовало много путей, не знаю, что случилось внезапно, среда кажется испорченной до:

username@machine:~/.ssh$ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games

0