Я поместил настройки в файл с именем ~/.Xmodmap:
xmodmap -e 'keycode 66=Return'
xmodmap -e "clear Lock"
В следующий раз, когда я вошел в систему, мне было предложено загрузить ~/.Xmodmap. Я загрузил его и поставил галочку «не спрашивать меня снова».
Тем не менее он не переназначает нужный ключ. Я использую Linux Mint 13 (майя).
Команды работают отлично, если я запускаю их вручную.