Переименование частей разделенного архива не приводит к повреждению содержимого. Пока части названы последовательно, у вас также не должно возникнуть проблем с извлечением.
Я только что проверил это на самом деле с 7zip. Создал сплит архив с частями test.zip.001 - test.zip.005, который мне удалось распаковать нормально. Переименован в best.zip.001 - best.zip.005 и извлечен нормально. Переименовал только последнюю часть в best.z05 и, извлекая, получил один лучший .zip, как вы описали. При извлечении этого архива возникла недопустимая ошибка архива, снова соответствующая вашему опыту.
Если вы используете Windows и у вас скрыты расширения файлов (как они есть по умолчанию), легко подумать, что вы правильно переименовали файлы, но у вас могут быть смешанные расширения. Переименование всех частей в том же рекомендуемом формате, т.е. name.zip.001 - name.zip.NNN должен это исправить.