После разговора проб и ошибок с задействованными командами я обнаружил, что это работает в оболочке bash
for i in *.ts; do ffmpeg -i "$i" -threads 6 -f mpegts -vcodec libx264 -preset slow -bufsize 8000 -async 48000 -acodec ac3 -ab 384k -n subdir/"${i%}"; done
это делает высококачественную сжатую версию входных файлов .ts с тем же именем, но в поддиректории. Я предполагаю, что это не будет писать subdir, если он не существует, поэтому вам придется указать тот, который заменяет то, что я называю "subdir". Также я использовал -n, чтобы не допустить перезаписи файлов, которые я по отдельности отображал, прежде чем я нашел правильный синтаксис для этого пакетного процесса.(У меня есть 6-ядерный процессор, так что "-threads" должны быть адаптированы и к вашему оборудованию)