/X не следует использовать на работающих системных томах, таких как C, поскольку они будут пытаться отключить тот самый диск, на котором работает ОС. это не имеет никакого отношения к повреждению диска как такового, но вы можете повредить файлы, которые были открыты для записи во время выполнения команды.
Если вы используете Проводник Windows для запуска сканирования диска, это должно позволить вам запланировать сканирование при следующей перезагрузке, чтобы оно могло произойти до того, как система загрузится. Я бы порекомендовал вам сделать это или загрузиться с компакт-диска Windows в режим восстановления и запустить команду оттуда.